Amon fut le dernier dieu d'empire de l'Egypte ancienne et cependant son origine fut la plus obscure de toutes. Il n'était à l'Ancien Empire guère plus que le dieu d'un petit village sans importance notable et la première mention de son nom est attestée dans les Textes des Pyramides. Son voisin Montou avait, lui, une toute autre importance puisque les Pharaons de la XIe dynastie l'incorporèrent à leur nom, telle la dynastie des Montouhotep.Puis à la XIIe dynastie, les Ammenemes élevèrent Amon à la dignité de dieu dynastique. Pourtant, il faudra attendre le Nouvel Empire pour que son règne soit absolu. Une fois promu dieu suprême, les théologiens d'Amon assimilèrent très rapidement les autres centres religieux au profit d'Amon. Ce fut la ville de Thèbes et ses deux grands temples, de Karnak et de Louxor, qui  diffusèrent ce nouveau culte.

L'origine d'Amon est mystérieuse. Pour les uns, il serait l'un des huit dieux de l'ogdoade dont la parèdre serait Amaunet. Pour les autres, il serait un dieu des vents et de l'air originaire de Moyenne Egypte. Enfin, il serait pour certains natif de Thèbes ce qui expliquerait la diffusion de son culte à partir de cette ville.

L'originalité de la pensée thébaine vient du fait qu'elle combina des éléments issus des différentes cosmogonies qui l'avaient précédée : héliopolitaine, memphite et hermopolitaine. On raconte qu'à l'auve du monde, le serpent ailé Kematef , celui qui accomplit son temps, émergea du Noun à l'endroit même de Thèbes.Il mit au monde Irta, celui qui a fait la terre. Irta entreprit donc de forger l'univers : il engendra la terre et les huit dieux principaux. Ceux-ci se rendirent à Héliopolis (pour certains à Hermopolis) pour faire venir au monde le Soleil, Atoum et Ptah. Epuisés, ils retournèrent à Thèbes où ils s'endormirent à jamais aux côtés de Kematef et d'Irta. Elargissant leur pensée, les prêtres thébains déclarèrent qu'Amon, en tant que dieu créateur se manifestait sous les traits de Kematef .

La personnalité d'Amon allait évoluer au fil du temps et son culte s'enrivhir de différents emprunts. Dès la XIIe dynastie, il devint Amon-Rê sous l'influence héliopolitaine. Mais les prêtres thébains lui donnèrent aussi les traits extérieurs de Min de Coptos accentuant encore un peu plus le caractère générateur du dieu, devenant ainsi Min-Amon-Rê-Kematef. A la XIXe dynastie, Amon-Rê était devenu le grand dieu de l'Empire et régnait sur toutes les autres divinités. Représenté sous la forme d'un bélier, sa toison dorée évoquait la lumière. Mais il pouvait aussi revêtir la forme d'un autre bélier sacré, celui qui règne sur Eléphantine, le dieu Khnoum, ordonnateur de la crue, et voilà Amon devenu Khnoum-Rê.

De son nom qui voulait dire Le Caché, le dieu thébain en tira l'expression de sa personnalité. La nature même d'Amon était d'échapper à l'entendement et cette caractéristique empêchait pour quicqonque de connaître l'essence du dieu. Mais si sa personne était unique, ses apparences, elles, étaient muktiples selon le caractère que l'on voulait mettre en avant : aspect solaire, il devint Amon-Rê, aspect fécond, il devint Amon-Min, et aspect générateur, il devint Khnoum-Rê. Ce jeu subtil permit àAmon d'imposer son caractère universel dans l'Egypte entière.

Lors de la XVIIIe dynastie, les prêtres thébains, comme l'avaient fait les prêtres memphites pour Ptah, créèrent une famille àAmon : une triade vit ainsi le jour composée de Mout, sa parèdre, et de Khonsou , leur enfant.